Hallo Jesko
Vielen Dank auch dir für deinen Beitrag! Habe mir gestern noch den Artikel von Den Bakker et al. (2004) An ITS phylogeny of Leccinum and an analysis of the evolution of minisatellite-like sequences within ITS1 ausgedruckt. Dort wurden leider nur 2 L. palustre-Kollektionen angeschaut (allgemein finde ich wurden pro Art nur wenige Kollektionen sequenziert). Dennoch denke ich, dass ein Mx. Identity-wert von zumindest 100 % schon einiges aussagt ;-) Auf jeden Fall werde ich "meine" Sequenzen noch auf NCBI laden.
Beste Grüsse Svampskogen
: Hallo,
: ich glaube, das ist nicht der Knackpunkt. Die Datenbankabfrage kann immer nur
: ein erster Schritt zu einer "molekularen Bestimmung" sein.
: Eigentlich müsstest Du Deine Sequenz in ihren Baum integrieren, z.B. indem
: Du Dir alle ähnlichen Sequenzen herunterziehst (bzw. nur die Sequenzen
: dieser Autoren, wenn es genügend sind) und damit einen eigenen Baum
: errechnest. Der sollte dann mit der Publikation, für die die anderen in
: der Datenbank hinterlegten Sequenzen verwendet wurden, verglichen werden,
: dann kann man versuchen, Schlussfolgerungen zu ziehen. Der einfachere Weg
: wäre freilich, die Autoren zu bitten, Deine Sequenz in ihren Baum zu
: integrieren und eine Aussage zur Bestimmung zu treffen. Das dürfte sie nur
: wenig Mühe kosten.
: Ich habe die betreffenden Artikel zu Leccinum gerade nicht präsent. Wurde
: bislang nur mit einem Locus gearbeitet (dann wohl ITS), muss man natürlich
: auch hinterfragen, ob dieser Locus geeignet ist bzw. ausreicht, um die
: Sippenstruktur in der Gattung korrekt abzubilden. Das ist bei ITS von
: Basidiomyceten zwar in der Mehrzahl der Fälle so, aber keineswegs immer.
: Viele Grüße, Jesko